При создании связи многие ко многим Entity framework спрячет вспомогательную таблицу.

Т.е. таблица OrderProduct исчезнет с дизайна. Тем хуже вы не сможете к ней обратиться напрямую (не сможете добавить/удалить/изменить запись)

Что бы такого не происходило, есть два выхода:

1) Каждый раз, когда вы доедает такую связь в Entity Framework, Вам нужно дополнительно настраивать маппинг для такой таблицы вручную. Я такое делать не люблю, тем более если эта таблица будет изменена, то нужно переделывать маппинг.

2) Добавить в эту таблицу поле (на рисунку это поле IsHack). Как правило оно у меня тип datetime - и я храню в нем дату создания записи в таблице. Или можно сделать его типом bit null, тогда оно будет мало весить.

Второй подход не является правильным, и может ввести в заблуждение нового программиста в команде, но такой подход легче поддерживать для меня.